4 Les questions qui restent en suspens...
Il reste un certain nombre de questions en suspens. La plupart sont des questions de détail : "quel était l'aspect de l'ancêtre commun de telle et telle espèce?" "Ce caractère est-il ancestral ou dérivé?" "Quel rôle a joué la sélection dans l'évolution de ce caractère?" "Quel sont les liens d'apparentement de ce groupe d'espèces?" etc.
Cependant il reste encore quelques grandes questions de fond, qui sont largement débattues. La question de savoir si l'évolution est graduelle ou progressive a été longtemps un sujet de débat, mais au final, on se rend compte que les deux sont possible, et que cela dépend de l'échelle à laquelle on observe l'évolution (sur de grandes échelles de temps, les changements morphologiques sont plus impressionnants) et du type de gènes qui sont touchés (des mutations de gènes de développement produisent des changement brutaux).
De la même manière, les débats sur les modalités de l'évolution des protéines font parfois encore rage. La duplication d'un gène est-elle nécessaire pour permettre l'apparition d'une nouvelle fonction enzymatique? Une nouvelle enzyme peut-elle être la conséquence de la modification progressive d'une ancienne? Ça dépend probablement des cas, chacun des différents partis doit avoir une part de vérité, qu'il faudrait synthétiser.
Une des vraies grandes questions encore insoluble aujourd'hui est celle de l'évolution de la reproduction sexuée. Comment expliquer le coût de production des mâles? Eh oui, si l'on imagine deux femelles d'une espèce, l'une se reproduisant par clonage, et l'autre pratiquant la reproduction sexuée, on peut voir que pour transmettre tous ses gènes, il faudra deux fois plus de descendants à la deuxième qu'à la première (puisque celle-ci doit "partager" chaque descendant avec son partenaire).
À long terme, la reproduction sexuée permet un brassage génétique qui permet l'apparition de nouvelles combinaisons très rapidement (concept du "cliquet de Müller"). Pour que deux mutations favorables soient présentes chez le même individu, la population clonale doit attendre que la deuxième mutation se produise chez quelqu'un possédant déjà la première. La population qui pratique la reproduction sexuée n'a pas ce souci : deux individus portants des mutations différentes peuvent provoquer la naissance d'un descendant portant les deux, en une génération. Les capacités d'adaptation devraient donc être meilleures pour une telle population, puisqu'elle aura plus de variabilité génétique en moins de temps (pourtant, il existe des petits organismes, nommés rotifères bdelloïdes, qui pratiquent semble-t-il depuis des millions d'années une reproduction clonale sans avoir plus de soucis que leurs congénères rotifères sexués...)
Mais à court terme? Il n'y a à court terme aucun avantage visible à pratiquer la reproduction sexuée. Pourtant celle-ci se maintient, sans disparaître, malgré l'apparition régulière de populations clonales dans diverses espèces (lézards, insectes, poissons...), ce qui pourrait provoquer sa disparition.
Il reste donc encore des mystères à élucider pour les évolutionnistes d'aujourd'hui, c'est ce qui fait l'un des attraits de cette discipline passionnante.
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